Comment les antibiotiques perturbent durablement le microbiote de nos enfants

Par Pierre Lombard Publié le 28/06/2016 Mis à jour le 01/08/2017
Actualité

D’après une nouvelle étude l'exposition aux antibiotiques pendant les premières années de la vie réduirait la diversité de la flore intestinale. Ce qui augmenterait le risque de développer des allergies et des maladies auto-immunes dans le futur.

Le microbiote intestinal est capital pour la digestion, car il permet la fermentation des fibres, la synthèse de vitamines, des bioconversions de substances en micro-nutriments assimilables. Il peut même favoriser la sensibilité à l’insuline ou limiter la prise de poids. 

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La prise d'antibiotiques n'élimine pas uniquement les bactéries pathogènes, mais également une bonne part de la flore intestinale bénéfique. Effectivement, en plus de ses fonctions digestives et sur la gestion du poids, cette flore joue également un rôle dans l’immunité, car de nombreuses bactéries ont une action anti-inflammatoire. C'est pourquoi une faible diversité du microbiote est régulièrement associé aux allergies (1), à l'asthme (2), à l'eczéma (3), et même aux maladies auto-immunes comme la maladie de Crohn (4). Ce serait également la raison pour laquelle les enfants nés dans un ferme, exposés à une plus grande diversité microbienne,ont moins de risque d'allergies (5). 

Dans cette nouvelle étude  publiée dans le journal Science Translational Medicine, les chercheurs ont suivi 39 enfants finlandais depuis l'âge de 2 mois jusqu'à leur 3 ème anniversaire, le suivi a donc duré 3 années. 

"Malgré la montagne d’études faites sur le microbiote ces 10 dernières années, très peu ont été faites chez les enfants, et encore moins ont suivi les enfants durant plusieurs années. Or, c'est durant les trois premières années que le microbiote est dynamique et évolue, mais après, c’est presque fini. C’est pourquoi c’est la période la plus critique, durant laquelle pertuber le microbiote pourrait avoir des conséquences sur le long terme,” dit Ramnik Xavier, un gastoentérologiste du MIT et de Harvard, co-auteur de l’étude.

Parmi les 39 enfants ayant participé à l'étude, 19 n’ont pas reçu de traitements aux antibiotiques durant le suivi, tandis que les autres ont reçu entre 9 et 15 traitements, principalement pour des otites ou des rhino-pharyngites. Chez les enfants ayant été exposé plusieurs fois aux antiobiotiques, Xavier et ses collègues ont observé que le microbiote était moins riche en bactéries considérées comme bénéfiques (du type Clostridium). Ces bactéries inhibent le système immunitaire en stimulant les lymphotcytes T-régulateurs et protègeraient ainsi des maladies auto-immunes. “Non seulement il y avait moins d’espèces de bactéries chez les enfants exposés aux antibiotiques, mais elles étaient également moins diversifiées et formaient un micro-environnement moins stable. Or, avoir un micriobiote riche, complexe et diversifié est un élément clé dans l’éducation du système digestif.” rapporte Xavier. 

Comme les auteurs s’y attendaient, les enfants exposés récemment aux antibiotiques présentaient un microbiote qui présentait des gènes de résistance aux antibiotiques. Cependant, ce à quoi les auteurs ne s’attendaient pas, c’est que certains gènes résistants étaient mobiles et restaient présents au sein du micriobiote longtemps après la prise d’antibiotiques. Étant donné que la résistance antibiotique devient un problème de santé publique , ce résultat a inquiété l'équipe de chercheurs américains qui conseillent de limiter l'usage d'antibiotiques au strict nécessaire. Ainsi la plupart des taux de l'enfant, mais aussi la plupart des angines sont d'origine virale et ne nécessitent pas la prescription d'antibiotiques.

L'équipe a également confirmé certains résultats déjà suspectés : la naissance par césarienne et la prise de laits infantiles semblent avoir une influence négative sur le microbiote. Les enfants nés par césariennes avaient moins de Bactéroides (rôle de régulateurs du système immunitaire) tandis que ceux nourris par des formules infantiles manquaient de Bifidobactéries (rôle dans la digestion et la croissance).

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Corrélation ou causalité ? 

Cette étude est une étude d'observation, il n'est donc pas possible d'établir un lien de cause à effet. Cependant, ces résultats font écho à d'autres études ayant rapporté une association entre prise d'antibiotiques, allergies et éczéma (3,6). De plus, une étude avait également rapporté une association entre prise d'antibiotiques chez la mère et risque d'allergie chez l'enfant, tandis qu'une étude chez la souris avait rapporté un lien de causalité entre exposition aux antibiotiques et allergies alimentaires. Tout ceci suggère un lien de causalité probable, il sera donc intéressant de suivre les prochaines études de cette équipe de Harvard. 

Sur le même thème, vous pouvez lire SOS bactéries : pourquoi notre flore intestinale est menacée.

Lire aussi un extrait du livre Paléobiotique de Marion Kaplan, dans laquelle elle donne sa méthode pour sauver le microbiote des ravages des excès de sucre, du gluten, des médicaments, des pesticides...

Article mis à jour le 5/09/16

RÉFÉRENCES :

(1) “Antibiotic exposure in early infancy and risk for childhood atopy.”Christine Cole Johnso et al. DOI:  http://dx.doi.org/10.1016/j.jaci.2005.04.020.The Journal of Allergy and clinical immunology. 2005.

(2)Shannon L Russell, et al. “Early life antibiotic‐driven changes in microbiota enhance susceptibility to allergic asthma.” DOI 10.1038/embor.2012.32. EMBO reports (2012) 13, 440-447.

(3)Thomas R. et al.“Low diversity of the gut microbiota in infants with atopic eczema.”
DOI: http://dx.doi.org/10.1016/j.jaci.2011.10.025. The Journal of Allergy and clinical immunology.

(4) American Academy of Allergy, Asthma & Immunology (AAAAI) 2013 Annual Meeting: Abstract L14. Presented February 26, 2013.

(5)Markus J. Ege et al. "Exposure to Environmental Microorganisms and Childhood Asthma". N Engl J Med 2011; 364:701-709February 24, 2011DOI: 10.1056/NEJMoa1007302.

(6)Foliaki S, Pearce N, Björkstén B, Mallol J, Montefort S, von Mutius E."Antibiotic use in infancy and symptoms of asthma, rhinoconjunctivitis, and eczema in children 6 and 7 years old: International Study of Asthma and Allergies in Childhood Phase III."J Allergy Clin Immunol. 2009 Nov;124(5):982-9. doi: 10.1016/j.jaci.2009.08.017.

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