Intestin : quels sont les signes d'un déséquilibre du microbiote ?

C'est quoi le microbiote ?

Le microbiote intestinal ou flore intestinale : définition 

Le microbiote intestinal, ou flore intestinale, décrit l'ensemble des micro-organismes, bactéries, virus, champignons microscopiques, protozoaires, qui colonisent les parois de l'intestin. Si certains peuvent être néfastes, comme des bactéries pathogènes, d'autres sont bénéfiques à la santé de notre corps. Les bactéries sont les micro-organismes les plus nombreux dans la flore intestinale.

Le microbiote humain en chiffres

Le microbiote intestinal compte entre 10¹² et 10¹⁴ micro-organismes, avec de l'ordre d'un millier d'espèces différentes, mais seulement une centaine d'espèces bactériennes sont prédominantes. Le poids du microbiote intestinal est de 2 kg, soit plus que celui du cerveau. La concentration de bactéries est la plus importante dans le côlon, qui contient entre 10 milliards et 10 000 milliards de bactéries par mL, contre 10 000 à 10 millions de bactéries par mL dans l'intestin grêle.

Le rôle du microbiote dans la digestion et d'autres fonctions de l'organisme

Le microbiote intestinal participe au processus de digestion des aliments puisque les bactéries réalisent la fermentation de résidus qui n'ont pas été digérés, comme les fibres alimentaires. Le microbiote produit des vitamines, comme la vitamine K et certaines vitamines du groupe B. Il favorise aussi la fonction barrière de l'intestin, essentielle pour lutter contre l'inflammation, comme l'explique la gastro-entérologue Martine Cotinat dans son livre Maigrir de plaisir en charmant ses bactéries : "Le microbiote stimule la production de mucus, substance visqueuse et élastique qui joue le rôle de couette de protection de la membrane entre l’intestin et la lumière digestive grouillante de nutriments et de bactéries. Produit par des cellules spécialisées, le mucus protège l’intestin des bactéries pathogènes."

Le microbiote intestinal participe également à la maturation du système immunitaire : grâce à lui, l'organisme va apprendre à distinguer les "bonnes bactéries" commensales, des "mauvaises", les pathogènes. La présence de "bonnes bactéries" qui occupent la place dans l'intestin limite le risque d'infection par des pathogènes. L'intestin est un organe immunitaire majeur de l'organisme, dans lequel le microbiote joue un rôle essentiel.

La dysbiose : comment le microbiote peut-il être déséquilibré ?

Les facteurs de déséquilibre du microbiote sont à la fois génétiques et environnementaux. La composition du microbiote évolue au cours de la vie, en fonction de l'alimentation, des produits chimiques présents dans l'environnement (pesticides...) et l'alimentation (additifs...), de l'hygiène, des hormones sexuelles ou des traitements médicamenteux, notamment les antibiotiques. Chaque individu possède un microbiote unique.

Déséquilibre du microbiote et pathologies : quelles maladies sont liées au microbiote ?

De nombreuses pathologies ont été associées à des déséquilibres du microbiote, comme l'explique le Dr Daniel Sincholle, pharmacologue dans son livre Super microbiote : "Un déséquilibre du microbiote, perturbant son interaction avec le système immunitaire, peut ouvrir la porte à un grand nombre de maladies."

Voici par exemple des maladies qui ont été associées à des problèmes de microbiote : maladies métaboliques (diabète de type 2...), auto-immunes (polyarthrite rhumatoïde...), allergiques, neurologiques et neurodégénératives (maladie d'Alzheimer...)…

Comment puis-je savoir si mon microbiote est déséquilibré ?

J'ai des diarrhées après avoir pris des antibiotiques : le signe d'un déséquilibre du microbiote

Après un traitement antibiotique, une diarrhée peut signifier que l'intestin n'abrite plus suffisamment de bonnes bactéries. "Les antibiotiques éliminent à la fois des bactéries pathogènes et des bactéries utiles, mais si ces dernières ne sont pas en nombre suffisant et pas suffisamment diversifiées, elles peuvent être supplantées par des bactéries moins favorables, ce qui peut conduire à une inflammation intestinale et la diarrhée", explique Daniel Sincholle.

Les antibiotiques sont souvent indispensables au traitement des infections bactériennes, mais leur utilisation inappropriée peut altérer le microbiote intestinal, mais aussi augmenter le risque d'antibiorésistance et d’infections à Clostridium difficile. "Les antibiotiques diminuent la diversité des espèces et le nombre des populations microbiennes qui constituent le microbiote, ce qui peut favoriser la colonisation par les bactéries pathogènes." Petit à petit, les espèces présentes avant le traitement peuvent reprendre le dessus, mais la composition du microbiote peut être altérée.

Je souffre de troubles chroniques de l'intestin : la faute à un déséquilibre du microbiote ?

Les troubles du transit, les problèmes digestifs, tels que les ballonnements, le reflux gastro-œsophagien, la constipation, peuvent être dus au stress. Mais ils sont aussi souvent liés à un déséquilibre du microbiote intestinal.

De plus, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, comme la maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique, sont liées à une activation du système immunitaire dans l’intestin. Des dysbioses (déséquilibres du microbiote) ont été décrites chez des patients souffrant de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. Par exemple, des bactéries pro-inflammatoires peuvent être sur-représentées.

Je grossis : obésité et déséquilibre du microbiote

Il existe de nombreux facteurs responsables de la prise de poids, le microbiote ne saurait être le seul responsable, mais il joue quand même un rôle clé. L'explication, d'après la Docteure Martine Cotinat : "Si votre microbiote a été malmené pendant des années par une alimentation riche en glucides raffinés, en graisses, en protéines animales et à l’inverse si les végétaux riches en fibres ont déserté votre assiette, votre microbiote s’est vraisemblablement considérablement appauvri. Il crie famine en quelque sorte et vous incite en sous-main à manger plus que ce dont vous avez besoin."

Des expériences scientifiques montrent que si on transfère le microbiote d’une personne obèse à des souris qui n’ont pas été exposées à des bactéries, elles deviennent obèses même lorsqu’elles mangent peu. "Les chercheurs pensent que la flore intestinale influence la sensation de satiété, la régulation de l’appétit et le niveau de certaines hormones impliquées dans la gestion du poids comme la leptine," précise Daniel Sincholle.

Je suis fatigué(e) et j'ai des difficultés pour dormir

"De nombreuses études montrent que la santé du microbiote et surtout sa diversité peuvent avoir une influence décisive sur notre sommeil. Un microbiote riche est associé à un sommeil plus réparateur," explique Daniel Sincholle. Un déséquilibre du microbiote est également constaté dans le syndrome de fatigue chronique.

J'ai des problèmes de peau

"Les urticaires chroniques, l’eczéma, peuvent apparaître en cas de déséquilibre de la flore intestinale et disparaître lorsque cet équilibre est rétabli, " souligne le Dr Sincholle. Ainsi, des études montrent que des probiotiques peuvent permettre de lutter contre l'eczéma chez des enfants. De plus, dans le cas de l'acné, un rôle du microbiote est soupçonné, d'où l'efficacité de certains probiotiques contre l'acné de l'adulte.

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Comment équilibrer son microbiote intestinal ?

Une alimentation riche en fibres permet de nourrir les bonnes bactéries du microbiote intestinal. Celles-ci, grâce à la fermentation des fibres, produisent alors des acides gras à chaîne courte (AGCC) qui présentent de nombreux bienfaits pour la santé. Les aliments riches en fibres sont les fruits, légumes, noix et céréales complètes.

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Inversement, les aliments ennemis du microbiote sont par exemple les graisses saturées et trans, les sucres, les additifs industriels... "Les graisses saturées stimulent la croissance de bactéries favorisant l’inflammation et augmentent la perméabilité de l’intestin", explique Martine Cotinat. "Si vous réduisez votre consommation de graisses, veillez à ne pas les remplacer par des glucides à index glycémique élevé, mais plutôt par d’autres graisses monoinsaturées (comme celles de l’huile d’olive), et polyinsaturées de type oméga-3 (comme les noix, l’huile de cameline…)". Globalement il est conseillé de fuir les produits industriels.

Les prébiotiques et les probiotiques en compléments peuvent aider à retrouver une flore intestinale plus saine.

Pour vous guider dans vos choix de compléments de probiotiques, lisez : Super microbiote, du Dr Daniel Sincholle