COVID-19 : la maladie est-elle due à la bactérie Prevotella ?

Abondamment relayé sur les réseaux sociaux, en particulier francophones, un message assure que « plusieurs équipes dans plusieurs pays (Chine, France, Etats-Unis), ont fait une découverte majeure de traitement du COVID-19 : le virus, en effet, ne tuerait pas directement, mais par l'intermédiaire d'une bactérie intestinale qu'il infecterait, la Prevotella ! Et c'est cette bactérie infectée qui, devenant virulente, déclencherait l'hyper-réaction immunitaire qui délabre les poumons et tue le malade ! »

Mais d’abord, qu’est-ce que Prevotella ? Une bactérie commune chez l’homme !

Plus de 90 % de la population totale du microbiote intestinal humain est représentée par deux sous-ensembles ou phyla, les Firmicutes (qui comprennent principalement les genres Clostridium, Enterococcus, Lactobacillus et Faecalibacterium) et les Bacteroidetes (qui comprennent notamment les genres Bacteroides et Prevotella).

On trouve des espèces de Prevotella au niveau des muqueuses, dans le système respiratoire, la bouche et surtout l’intestin. Prevotella y aide à digérer et décomposer les glucides dits « complexes ». Elle est donc particulièrement abondante chez les personnes qui suivent un régime alimentaire riche en végétaux et en fibres. Par rapport aux populations occidentales, les populations pré-agricoles, comme les chasseurs-cueilleurs, les populations rurales isolées, abritent une abondance d'espèces de Prevotella dans l'intestin. C’est également le cas des personnes qui suivent un régime végétarien, végétalien, vegan ou méditerranéen.

Des études ont fait le lien entre la présence de souches de Prevotella dans l'intestin et un meilleur profil cardiovasculaire ainsi qu’un meilleur métabolisme du glucose. Dans d’autres études certaines souches de Prevotella ont été associées aux risques de syndrome métabolique, obésité, maladies intestinales inflammatoires ou polyarthrite rhumatoïde.

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« Plusieurs équipes » de chercheurs ont-elles découvert que le virus agirait en infectant Prevotella et en la rendant virulente ?

Non. Aucune équipe de chercheurs n’a rapporté une telle découverte, que ce soit en prépublication ou sous forme d’article dans un journal scientifique. Il n’existe à l’heure actuelle aucune étude impliquant de près ou de loin le coronavirus SARS-CoV-2 et les souches de bactéries Prevotella. 

Le lien entre Prevotella et COVID-19 repose sur les affirmations de deux personnes, aucune n’appartenant à une structure de recherche, aucune non plus n’ayant de formation médicale, ni de formation en virologie ou en épidémiologie. 
Il s'agit d’une part, d'un utilisateur de Twitter qui, sous le pseudonyme BioMoon se présente comme professeur de SVT, et de l’autre un ancien étudiant indien du nom de Sandeep Chakraborty, qui est passé par le département des sciences végétales de l’université de Californie à Davis (UC Davis) mais n’en fait semble-t-il plus partie.

Chakraborty a publié plusieurs lettres en preprint (prépublication) sur le site OSF (open source). Il ne s’agit donc pas d’articles scientifiques mais de simples communications sous forme d’hypothèses, s'appuyant sur une lecture personnelle de données sur le virus rendues publiques par des chercheurs asiatiques. Rien n’indique que ces lettres ont été proposées pour publication dans des revues scientifiques, et tout laisse à penser qu’elles seraient refusées compte tenu de leur aspect cryptique ; en effet, la plupart des revues ont un comité de lecture constitué de chercheurs qui analyse le mérite des publications qui lui sont soumises et écarte les moins sérieuses.

Sur quoi repose l’hypothèse d’une infection via Prevotella ?

Les lettres de Chakraborty, succinctes, sont souvent rédigées dans un langage obscur.
Dans une lettre du 31 mars 2020, il assure avoir repéré dans le séquençage ADN du liquide de lavage broncho-alvéolaire de 5 patients de Wuhan, la présence abondante de bactéries Prevotella, à des niveaux qui surpassent la charge virale. Il cite 3 études à l’appui de cette affirmation. Mais comme on va le voir, aucune ne mentionne Prevotella, ni n’attribue à ces bactéries les infections constatées en Chine.

• La première référence citée par Chakraborty est un éditorial du New England Journal of Medicine daté du 20 février 2020 qui ne fait nullement référence à la présence de bactérie. Peut-être faut-il alors se référer l’étude chinoise publiée à la même date et dans le même journal, dont cet éditorial commente les résultats ? Cette étude porte sur l’analyse des liquides de lavage broncho-alvéolaire de plusieurs patients de Wuhan et Beijing. À partir d’échantillons d’acide nucléique, les auteurs de l’étude ont recherché la présence de 18 virus et 4 bactéries : Bordetella pertussis, Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, et Mycoplasma pneumoniae. Leurs investigations vont aboutir à l’isolation du SARS-Cov-2 chez 3 des patients, par séquençage du génome entier, PCR directe et culture. Ils en concluent que « le nouveau bêtacoronavirus a probablement été la cause d'une pneumonie grave chez trois patients à Wuhan, en Chine. » Pas de mention de Prevotella. 
• La deuxième référence citée par Chakraborty porte sur 7 patients qui travaillaient au marché de Wuhan. En particulier, l’analyse du liquide de lavage brocho-alvéolaire du patient numéro 1 va permettre de caractériser le génome du nouveau coronavirus, auquel les auteurs attribuent l’émergence des cas de pneumonies de Wuhan. Pour les besoins de l’étude, des prélèvements ont été effectués dans la gorge des patients, qui ont révélé la présence de bactéries Streptococcus chez les malades numéros 3, 4 et 7. Aucune mention n’est faite de Prevotella.
• La troisième référence citée est une étude chinoise publiée le 5 février 2020, qui porte sur l’analyse du liquide de lavage bronche-alvéolaire de deux patients. Les auteurs conduisent une recherche étendue pour identifier les germes en cause, dont de possibles bactéries. Ils ramènent dans leurs filets le coronavirus, et dans les échantillons la présence anodine de deux bactéries, Capnocytophaga et Veillonella qui, selon les auteurs ne sont pas pathogènes (certaines souches de Capnocytophaga sont parfois impliquées dans des maladies gingivales). Ils en concluent que « le coronavirus est vraisemblablement le principal microbe pathogène de ces échantillons ». 

Dans une nouvelle lettre datée du 5 février, Chakraborty assure cette fois que la bactérie Prevotella est présente en « quantités énormes » chez les patients de deux études, en Chine et à Hong Kong. Il ajoute que Prevotella est une bactérie pathogène bien connue (ce qui n’est pas exact) et cite à nouveau 3 références à l’appui de son affirmation :

• La première est toujours l’éditorial du New England Journal of Medicine, dont on a vu qu’il ne parle pas du tout d’une piste bactérienne. 
• La seconde est encore une fois l’étude qui a donné lieu à la rédaction de l’éditorial. Elle ne mentionne pas, nous l’avons déjà constaté, Prevotella. 
• La dernière est une étude parue dans le Lancet le 24 janvier 2020, sur 5 patients de la même famille. Les auteurs attribuent logiquement les infections au nouveau coronavirus et évoquent ainsi d’autres pistes virales ou bactériennes : « Sur la base des tests microbiologiques nous n’avons trouvé aucune preuve d’autre infection respiratoire d’origine virale ou bactérienne. »  

Les auteurs des études citées par Chakraborty n’ont donc à aucun moment envisagé que les malades qu’ils ont analysé étaient victimes de la bactérie Prevotella plutôt que du coronavirus. Peut-être ne l’ont-ils pas recherchée ? À cette question, l’auteur d’une des études a répondu à Chakraborty que cette bactérie avait bien été recherchée, mais pas trouvée. 

D’une manière générale, les surinfections bactériennes ne semblent pas dominer dans les pneumopathies COVID-19, puisqu’elles ne sont retrouvées que dans une minorité de cas.

Une hypothèse en évolution

Jusqu’au 29 janvier, si l’on en juge par son activité sur Twitter, Sandeep Chakraborty semble surtout préoccupé par la situation politique en Inde. 

Le 29 janvier, après avoir, dit-il, identifié Prevotella dans le métagénome des patients chinois, il émet l’hypothèse que c’est cette bactérie, « aidée par le coronavirus », qui est à l’origine des graves problèmes de santé observés chez les patients. 
Selon lui, le virus favorise l’adhésion de la bactérie aux cellules épithéliales, comme d’autres coronavirus, dans des observations isolées, ont favorisé l’adhésion de Streptococcus. La différence, bien sûr, c’est que dans ces observations, Streptococcus a bien été identifiée, alors qu’aucune étude à ce jour n’a fait de Prevotella un candidat aux complications pulmonaires que connaissent les patients.

L’hypothèse va ensuite évoluer pour évoquer un microbe chimérique, mi-virus, mi-bactérie : le coronavirus aurait pu transmettre son ARN à l’ADN de la bactérie, la rendant possiblement plus virulente. Le coronavirus s’apparenterait donc à un bactériophage, ou phage, cette famille de virus capable d’infecter les bactéries. La limite de ce concept purement théorique, c’est qu’en infectant une bactérie, les bactériophages la détruisent, ce qui ne colle guère avec l’hypothèse elle-même d’une présence « énorme » de Prevotella chez les patients.

Des conclusions hasardeuses

Chakraborty fait par ailleurs un lecture très personnelle des données issues de la recherche clinique. Par exemple, l’inflammation massive constatée chez des patients autour du dixième jour est, selon lui, le signe d’une infection bactérienne puisque la charge virale relevée est souvent faible. Mais pour la majorité des chercheurs, cette inflammation, parfaitement décrite dans d’autres situations similaires, est au contraire la conséquence d’un « orage de cytokines », un afflux de molécules pro-inflammatoires sécrétées par l’organisme, y compris lorsqu'une infection a été résolue.
Il explique aussi que si les enfants sont moins touchés par l’infection, c’est parce que, au contraire des adultes, leur flore intestinale est très pauvre en Prevotella. Or les intestins des enfants renferment bien ces bactéries.

Cette hypothèse peut-elle être remise en selle par des études à venir ?

Chakraborty semble attendre que des chercheurs s'intéressent à la piste qu'il a soulevée, et mise probablement sur des révélations qui viendraient confirmer la piste Provetella. Il convient en effet de garder à l'esprit l'histoire de la bactérie Helicobacter Pylori, et son implication dans les ulcères de l'estomac. La bactérie a été isolée par Robin Warren en 1979. Persuadé, avec Barry Marshall, que cette bactérie était responsable des ulcères de l'estomac, les deux chercheurs se sont heurtés au scepticisme de la communauté médicale et scientifique jusqu'en 1985 lorsque Marshall a publié le résultat de son expérience qui avait consisté à avaler un bouillon bactérien et constaté les dommages provoqués à la muqueuse gastrique.  

Or dans le cas de Prevotella, c'est très peu probable. Pourquoi ?

Warren et Marshall avaient apporté la preuve qu'Helicobacter survivait bien au milieu acide de l'estomac. Restait à démontrer son rôle dans les ulcères. Dans le cas de Prevotella, aucune preuve de sa présence n'a été apportée. Pourtant, bien que des données sur le SARS-CoV-2 et la maladie COVID-19 n'existent que depuis décembre, le nombre de publications scientifiques est d'ores et déjà considérable. La connaissance des mécanismes de l'infection et de ses complications a progressé de manière fulgurante. Aucun de ces mécanismes n'accorde aux bactéries un rôle majeur. Il est donc extrêmement peu probable qu'une étude vienne soudain bouleverser ce corpus de connaissances.

Pourquoi la piste Prevotella est-elle surtout relayée en France ?

L'hypothèse Prevotella sert de support théorique au traitement proposé par le Pr Didier Raoult, qui associe hydroxychloroquine et azithromycine. Par manque de données cliniques convaincantes, on ne sait pas encore, à l'heure où cet article est écrit, si ce traitement est vraiment efficace. Il repose d'une part sur le constat que l'hydroxychloroquine inhibe la répliation du virus in vivo, et d'autre part sur les résultats des études préliminaires menées dans l'Institut que dirige le Pr Raoult, et ceux d'une petite étude chinoise. Si la bactérie Prevotella est bien en cause, comme le pense Chakraborty, cela justifie l'usage de l'antibiotique azithromycine.  D'où l'engouement pour cette hypothèse chez les Français persuadés qu'une mauvaise manière est faite au protocole Raoult aussi bien par les autorités sanitaires que par la communauté scientifique. Il faut cependant noter que Didier Raoult n'a pas cautionné cette piste.

Ce qu'il faut en penser

L’hypothèse selon laquelle on se tromperait d’ennemi, en l’occurrence Prevotella, ou une chimère Prevotella-coronavirus, ne repose que sur une construction intellectuelle. Elle n’est étayée par aucune donnée expérimentale, clinique ou épidémiologique. À cet égard, et contrairement à ce qu’affirme le journal Sciences et Avenir, en citant une étude chinoise, celle-ci n’a pas mis en évidence en janvier le fait que "le taux de Prevotella serait plus élevé chez les patients atteints du Covid-19".